生物顯微鏡廣泛應用于組織細胞學、微生物學、免疫學、基因工程、植物學等領域。其所有光學技術參數都要按照標準進行校準，對校準過程中需要準確量值的項目要進行質量控制，以保證測量結果的準確性和可靠性。
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生物顯微鏡應當標明產品名稱、型號、編號、生產廠家等信息。光學系統在整個視場的成像應清晰，視野中不應有影響觀察的陰影或反射點，成像的清晰區域應與視場同心。
生物顯微鏡各部分的運動應靈活穩定，無干擾和跳躍現象，視場照明應均勻。雙目顯微鏡左右系統的光譜顏色應基本相同，明暗無明顯差別。微調手輪應靈活光滑，松緊適中。微調手輪的切割線之間的距離應在手輪的起點、中間和終點測量。測量前應用專用夾具將指示劑固定在生物顯微鏡上，以保證指示劑與顯微鏡緊密、牢固。安裝指示器時，測量頭應與平臺垂直接觸。調整生物顯微鏡對焦手輪，將指示器讀數調零。旋轉聚焦手輪10個刻度，讀取指示值，取指示值的1/10作為測量結果。以起點、中間和終點的測量平均值作為標定結果。
