色譜是一種分離分析手段，分離是核心，因此擔負分離作用的色譜柱是色譜系統的心臟。色譜柱可分為填充柱和開管柱兩大類，液相色譜通常均采用填充柱。本文主要介紹液相色譜柱使用注意事項。
1、色譜柱由高壓勻漿法裝填，能承受較高壓力。為獲得最佳分離效果，使用時請不要超過200kgf，而且避免壓力突然上升或變化，否則會造成硅膠填料的破壞，減少色譜柱的使用壽命。柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩。
2、注意溫度，除特殊要求外最高操作溫度不要超過60℃。
3、如果流動相含有酸或無機鹽，應當先用去離子水(20倍柱體積)沖洗干凈，然后用100%乙腈或甲醇保存色譜柱，最后用柱子的接頭密封，防止溶劑揮發干燥，并放在穩定的環境中存放。
4、絕對禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過夜或更長時間。
5、應避免色譜柱受到直接的機械沖擊或摔落，避免造成色譜柱性能的降低。
6、應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。
7、一般說來色譜柱不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質，否則反沖會迅速降低柱效。
8、避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱，保護柱一般是填有相似固定相的短柱，保護柱應該經常更換。柱子失效通常是柱端部分，在分析柱前裝一根與分析柱相同固定相的短柱（5～30mm），可以起到保護、延長柱壽命的作用。雖然采用保護柱會損失一定的柱效但這是值得的。
9、經常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內的雜質。在進行清洗時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50~75ml。
10、通常色譜柱壽命在正確使用時可達2年以上，以硅膠為基質的填料，只能在pH=2～9范圍內使用。柱子使用一段時間后，可能有一些吸附作用強的物質保留于柱頂，特別是一些有色物質更易看清被吸著在柱頂的填料上。每次工作完后，最好用洗脫能力強的洗脫液沖洗，例如ODS柱宜用甲醇沖洗至基線平衡。當采用鹽緩沖溶液作流動相時，使用完后應用無鹽流動相沖洗。含鹵族元素（氟、氯、溴）的化合物可能會腐蝕不銹鋼管道，不宜長期與之接觸
11、新的色譜柱在使用一段時間后柱頂填料可能塌陷，使柱效下降，這時也可補加填料使柱效恢復。
12、裝在高效液相色譜儀上柱子如不經常使用，應每隔4～5天開機沖洗15分鐘。
