1、無菌操作室滅菌
培養材料進行培養、觀察或更換培養液時，必須從各方面防止任何污染物進入培養液或容器，所以無菌操作室的滅菌是至關重要的。
由于無菌操作室的污染來源主要是空氣中的細菌和真菌孢子，因此長期停用后的無菌操作室應進行熏蒸滅菌，熏蒸是用高錳酸鉀+甲醛[(2mL甲醛+1g高錳酸鉀)/m3]進行無菌室的滅菌。
經常使用的無菌操作室，在每次使用前都應進行地面衛生清潔，并用紫外線燈照射30min，進行空氣滅菌。
對超凈工作臺，每次操作前用紫外燈照射30min，然后用70%～75%酒精擦拭。
2、培養液滅菌
培養液在制備過程中帶有各種雜菌，分裝后應立即滅菌，或在24小時內完成滅菌工序。
目前常用過濾除菌法除去培養物操作液和培養液中的細菌，或對培養液中耐熱組分先進行高壓蒸汽滅菌，然后在無菌室加入經過過濾除菌的不耐熱溶液，混勻后分裝備用。液體培養液在冷卻到室溫后再加入過濾除菌溶液。過濾除菌時，使用孔徑為0.22～0.45μm或更小的細菌濾膜。過濾除菌可利用抽濾裝置或注射過濾器進行，所用器皿均應進行高壓消毒滅菌，溫度不應超過121℃。
使用高壓蒸汽滅菌器滅菌時，將分裝好的培養液放入底部有一定量(淹沒加熱管)涼水的高壓蒸汽滅菌器內，增壓至0.35~0.4 kg/cm2時排凈滅菌器內冷空氣，以便使蒸汽能到達各個消毒部位，保證消毒滅菌徹底。然后繼續加壓加熱，當壓力表讀數達到1.0~1.1 kg/cm2為121℃，保持15~20min即可。由于消毒滅菌效果取決于溫度而不是壓力，所以在一定壓力下保持較長的消毒滅菌時間是必須的。在121℃的蒸汽溫度下可以很快殺死各種細菌及高度耐熱的芽孢桿菌，因此許多培養液的消毒滅菌壓力、溫度一般保持在1.0～1.1 kg/cm2、121℃。消毒滅菌時間與需要消毒滅菌的培養液量密切相關，時間不足達不到滅菌效果，時間過長培養液內的一些化學物質遭到破壞，影響培養液成分。消毒滅菌結束后，關閉熱源，只有當滅菌器內壓力降為零時才能打開放氣閥，排除剩余蒸汽，取出培養液。不可在壓力較高時打開放氣閥，引起減壓沸騰，使容器中液體溢出。
3、玻璃器皿、塑料器皿和器械滅菌
玻璃器皿可進行干熱滅菌或高壓蒸汽滅菌，但在蒸汽滅菌后最好及時烘干水分。
對不能進行高壓蒸汽滅菌的塑料器皿可用75%酒精浸泡，使用前在無菌操作臺面上晾干的同時，用紫外線重復殺菌。實驗室還可以用環氧乙烷滅菌袋對塑料器皿進行消毒，消毒后的器皿要充分散氣2～4小時后才可使用。
無菌操作所用的各種器械，一般采用干熱或高壓蒸汽滅菌，或用75%酒精浸泡，然后在無菌操作臺面上晾干的同時再用紫外線重復殺菌;在使用期間可多次對其進行酒精燈火焰灼燒滅菌。
4、培養材料的消毒滅菌
采自動物機體的實驗材料，攜帶著微生物及雜質，接種前須進行表面消毒滅菌，對內部已受微生物侵染的材料應予以淘汰。從動物機體采集的某些組織塊，須用消毒劑進行浸泡處理，進行表面消毒。常用消毒劑有過氧化氫(10~12%，浸泡5~15 min)、過氧乙酸(0.05%，浸泡30s~1min)、酒精(70~75%，浸泡2 min)。
相關閱讀：
