高效液相色譜儀廣泛用于合成化學(xué)、石油化學(xué)、生命科學(xué)、臨床化學(xué)、藥物研究、環(huán)境監(jiān)測、食品檢驗(yàn)及法學(xué)檢驗(yàn)等領(lǐng)域。
一. 在食品分析中的應(yīng)用
1．食品營養(yǎng)成分分析：蛋白質(zhì)、氨基酸、糖類、色素、維生素、香料、有機(jī)酸（鄰苯二甲酸、檸檬酸、蘋果酸等）、有機(jī)胺、礦物質(zhì)等；
2．食品添加劑分析：甜味劑、防腐劑、著色劑（合成色素如檸檬黃、莧菜紅、靛藍(lán)、胭脂紅、日落黃、亮藍(lán)等）、抗氧化劑等；
3、食品污染物分析：霉菌毒素（黃曲霉毒素、黃桿菌毒素、大腸桿菌毒素等）、微量元素、多環(huán)芳烴等。
二. 在環(huán)境分析中的應(yīng)用
多環(huán)芳烴（特別是稠環(huán)芳烴）、農(nóng)藥（如氨基甲酸脂類，反相色譜）殘留等。
三. 在生命科學(xué)中的應(yīng)用
HPLC技術(shù)目前已成為生物化學(xué)家和醫(yī)學(xué)家在分子水平上研究生命科學(xué)、遺傳工程、臨床化學(xué)、分子生物學(xué)等必不可少的工具。其在生化領(lǐng)域的應(yīng)用主要集中于兩個方面：
1. 低分子量物質(zhì)，如氨基酸、有機(jī)酸、有機(jī)胺、類固醇、卟啉、糖類、維生素等的分離和測定。
2. 高分子量物質(zhì)，如多肽、核糖核酸、蛋白質(zhì)和酶（各種胰島素、激素、細(xì)胞色素、干擾素等）的純化、分離和測定。
過去對這些生物大分子的分離主要依賴于等速電泳、經(jīng)典離子交換色譜等技術(shù)，但都有一定的局限性，遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足生物化學(xué)研究的需要。因?yàn)樵谏I(lǐng)域中經(jīng)常要求從復(fù)雜的混合物基質(zhì)，如培養(yǎng)基、發(fā)酵液、體液、組織中對感性趣的物質(zhì)進(jìn)行有效而又特異的分離，通常要求檢測限達(dá)ng級或pg級，或pmol，fmol，并要求重復(fù)性好、快速、自動檢測；制備分離、回收率高且不失活。在這些方面，HPLC具有明顯的優(yōu)勢。
四. 在醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中的應(yīng)用
體液中代謝物測定；藥代動力學(xué)研究；臨床藥物監(jiān)測：
1. 合成藥物：抗生素、抗憂郁藥物（冬眠靈、氯丙咪嗪、安定、利眠寧、苯巴比妥等）、黃胺類藥等。
2. 天然藥物生物堿（吲哚堿、顛茄堿、鴉片堿、強(qiáng)心甙）等
五．在無機(jī)分析中的應(yīng)用
陽、陰離子的分析等。
